2025年1月17日,马克斯·普朗克研究所Martin Beck和Gerhard Hummer以及海德堡大学Hans-Georg Krausslich团队的研究人员,在国际知名期刊Cell(IF:45.5)发表了题为“Passage of the HIV capsid cracks the nuclear pore”的研究性论文。该突破性的研究,揭示了HIV病毒衣壳在穿越巨噬细胞核孔复合体(nuclear pore complex,NPC)时,不仅保持了结构的完整性,还会导致核孔复合体的环状结构发生破裂。这一发现挑战了传统观点,即病毒衣壳必须在核孔外解体才能进入细胞核。

在HIV病毒感染过程中,要感染靶细胞,HIV 病毒必须并到达细胞中心的细胞核,在那里产生足够的遗传密码拷贝来感染其他细胞。为了安全地完成这一任务,这种病毒会构建一层保护性蛋白外衣——衣壳(capsid),以抵御宿主为消灭它而设置的病毒自身免疫防御系统。在此之前,完整的衣壳究竟如何穿过嵌在核膜上的核孔进入细胞核一直是个谜。
HIV-1感染的关键步骤之一是将其遗传物质运输到宿主细胞核内,并成功整合到宿主的基因组中。然而,宿主细胞核由双层核膜包裹,核孔直径仅约45至65纳米,既能选择性地运输必要分子,又有效阻止了大多数外来成分的进入。核孔复合体(nuclear pore complex,NPC)选择性地控制物质的进出来完成这一任务,这为HIV-1的核内入侵构成了一个重大的障碍。NPC是生物体内最大的蛋白质复合物之一,由约30种核孔蛋白 (Nups) 组成,这些蛋白共同构成了一个动态且高度选择性的屏障。大多数病毒会在细胞质中解包衣壳,暴露出遗传物质,并通过与核定位信号 (NLS) 相互作用的小分子复合物穿越NPC。然而,HIV-1的行为却不同:其锥形衣壳(capsid)在细胞质中保持完整,直到进入细胞核后才完成解包。更为困惑的是,HIV衣壳的尺寸远大于NPC的选择性过滤阈值,这意味着其穿越机制具有独特性。如何穿越核孔?一直是研究的热点和难点。
HIV-1病毒的锥形衣壳(capsid)是一个复杂而精巧的多功能分子装置。它由200-250个病毒衣壳蛋白(CA)六聚体和12个五聚体拼接而成,呈现出独特的锥形结构。这种形状不仅能够紧密包裹病毒RNA基因组,为其提供物理保护,还能为病毒在细胞内的运输和核内转移提供重要支持。研究显示,衣壳的宽端约为60纳米,与核孔的内径接近,而窄端的设计使其更容易插入核孔复合体(NPC)的中心通道。这种锥形设计堪称病毒突破宿主防御系统的“进攻利器”。锥形衣壳的功能远不止是一个“防护壳”。首先,它是病毒反转录(reverse transcription)的主要场所。在衣壳内,病毒的RNA基因组被逆转录为双链DNA,从而为后续的基因组整合做好准备。同时,衣壳的存在还可以屏蔽宿主细胞内的DNA感受器,避免病毒在细胞质中被识别和清除。其次,衣壳与宿主细胞的微管马达蛋白相互作用,使病毒能够精准地被输送至核孔位置。更重要的是,衣壳还能作为一种“分子钥匙”,通过与核孔蛋白(FG-Nups)的特异性结合打开宿主细胞的核内屏障。HIV-1衣壳蛋白的六聚体能够与核孔复合体中的FG-Nups特异性结合。这种结合不仅让衣壳能够附着在核孔上,还为其穿越核孔提供了足够的牵引力。数据显示,约有17%的核孔与病毒衣壳直接结合,而衣壳信号的89%分布在核孔附近。
巨噬细胞是人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)的主要靶点之一。研究人员探索HIV-1亚病毒复合物在人原代单核细胞衍生的巨噬细胞 (MDM) 中的核进入。巨噬细胞是 HIV-1 的天然靶细胞,并且是有丝分裂后细胞。因此,病毒复制复合物必须通过完整的核包膜(nuclear envelope,NE )进入细胞核。为了分析这一过程,作者利用了之前描述的非感染性 HIV-1 变体 (NNHIV),该变体正常进入允许细胞并经历逆转录和核进入,但在整合和基因表达方面存在缺陷。

HIV-1衣壳在巨噬细胞(MDM)核孔复合体(NPC)处的积累
(A) 巨噬细胞中HIV-1 CA信号在核膜附近的分布
研究通过感染巨噬细胞样本(MDMs)并在感染后24小时和48小时进行标记观察,展示了HIV-1衣壳蛋白(CA,绿色信号)与核膜(由lamin A/C标记,洋红色信号)的相对定位。在共聚焦显微镜的z切片图中,可以清晰观察到HIV-1 CA信号在细胞核膜(NE)处显著积累。被lamin A/C信号定义的核膜区域显示出明显的CA信号聚集,尤其是在48小时后更为显著。局部放大的图像(标记为白色箭头)揭示了CA信号精确分布在核膜的定义边界处,这表明病毒衣壳与核孔复合体的关联。
(B 和 C) 定量分析CA信号的分布
(B) CA信号与核膜(lamin A/C)的共定位:图表显示,与lamin A/C染色共定位的CA信号数量在感染后不同时期的变化。结果表明,感染时间延长后,越来越多的CA信号与核膜区域共定位,这进一步验证了病毒衣壳在核孔复合体附近的积累趋势。
(C) 核内CA信号数量:分析了核内检测到的CA信号数量,结果显示感染48小时后,进入细胞核内部的CA信号显著增加。这表明病毒衣壳不仅在核孔处积累,还能够穿越核膜进入细胞核。
(D) 使用3D STED成像对病毒与核孔的精确关联进行深入解析
采用超分辨率的3D STED显微成像技术,研究进一步解析了HIV-1 CA信号(洋红色)与核孔蛋白(FG-Nups,绿色)的关联。在整个细胞核的3D重建图像中可以看到,CA信号直接位于由FG-Nups定义的核孔复合体区域附近或与之直接接触。局部放大显示,CA信号(白色箭头)清晰地与核孔复合体标记的结构直接相关联。这为病毒衣壳与核孔的物理交互提供了更直观的证据。
通过冷冻电镜和分子模拟,研究人员观察到病毒衣壳(capsid)在穿越核孔时会导致NPC的环状结构出现“裂缝”。这种现象主要发生在NPC的内环区域(inner ring, IR),也就是核孔的最狭窄部分,也是病毒通过时需要克服的关键物理障碍。数据显示,约有一半的核孔在与病毒衣壳结合后出现了扩张,甚至裂解现象。这种“裂缝”表现为核孔的环状亚单位出现不对称排列,原本具有8重对称性的结构被破坏。通过分子模拟,研究还发现裂解的区域通常集中在衣壳接触和推进的位置,这表明裂缝的产生与衣壳的机械作用力密切相关。令人惊讶的是,尽管核孔结构受损,宿主细胞的整体功能并未因此受到严重影响。HIV-1感染的巨噬细胞能够长期存活,并未表现出明显的核膜破裂或核孔完全丧失功能的现象。这表明,病毒可能在长期进化中找到了一种“恰到好处”的机制,既能成功突破核孔屏障,又能避免对宿主细胞造成过度损伤。对病毒而言,这种策略不仅提高了感染的成功率,还能为其在宿主内的长期潜伏创造条件。即双方互相斗争后最小妥协代价。

原始文献
Kreysing, Jan Philipp et al.,Passage of the HIV capsid cracks the nuclear pore, Cell (2025).
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)01421-1